Ein Eindämmungsteam vernichtet einen Humanoiden auf einem Dschungel-Planeten. Kurz darauf besucht die Enterprise den gleichen Planeten, nachdem Archer durch die Xindi-Datenbank herausfand, dass das Schiff, welches von den Ossarianern angegriffen wurde, dem Planeten ebenfalls einen Besuch abgestattet hat. Das Außenteam findet ein fruchtbares Ökosystem vor sowie ein abgestürztes Xindi-Schiff. Der Pilot wurde allerdings getötet, und kurz nachdem die Crewmitglieder den Planeten erreichen, beginnen sie, sich in die gleiche Art von Humanoiden zu verwandeln wie diejenigen, die am Anfang der Episode getötet wurden. T'Pol verändert sich nicht großartig, aber Archer, Sato und Reed fangen an, eine andere Sprache zu sprechen und suchen instinktiv geleitet einen Platz namens Urquat. Mithilfe von Satos Übersetzer gelingt es T'Pol, mit ihnen zu kommunizieren, aber sie vertrauen ihr nicht.

Phlox versucht Tucker davon zu überzeugen, keine Suchmannschaft loszuschicken, da auf den Scans die Menschen nicht auszumachen sind und er glaubt, dass sie sich verändert haben. Tucker schickt ein Team in Schutzanzügen, welchem es gelingt, den mutierten Reed einzufangen und ihn an Bord der Enterprise in eine Dekontaminationskammer zu stecken. Die Enterprise hingegen wird von zwei fremden Schiffen kontaktiert. Man behauptet, dass es sich um einen unheilbaren mutagenischen Virus handelt, der von ausgestorbenen Aliens entwickelt worden ist, welche unfruchtbar geworden sind und keinen anderen Weg sahen, sich fortzupflanzen. Das Eindämmungsschiff plant, jeden zu vernichten, der mit dem Virus infiziert wurde, inklusive Archer, Sato und Reed. Allerdings erlauben sie, dass Tucker und Phlox T'Pol suchen, deren vulkanische Gene einen Abwehrmechanismus besitzen.

T'Pol folgt Archer und Sato zu den Ruinen von Urquat, einer uralten Stadt von beeindruckender Architektur, welche unbewohnt und größtenteils zerstört ist. Sie finden Körper von Lebewesen, die erst kürzlich von Eindämmungsteams getötet worden sind. Solch ein Team kommt auch auf den Planeten und versucht Archer und Sato zu eliminieren. Allerdings löschen sie einen ihrer eigenen Leute aus, nachdem dessen Schutzanzug beschädigt wurde und er sich infiziert hat. Tucker ist gezwungen, den Transporter zu benutzen, damit er nicht von den fremden Schiffen entdeckt wird. Auf der Oberfläche gelingt es ihm, seine Kameraden zu retten, und nachdem sie mit dem Shuttle an Bord der Enterprise zurückgekehrt sind, können sie mit Warpgeschwindigkeit fliehen. Archer will zwar den Planeten nicht verlassen, aber T'Pol überzeugt ihn, dass es auf der Enterprise sicherer sei.

Als die Eindämmungsschiffe die Enterprise eingeholt haben und einen Angriff starten, enthüllt Tucker, dass Dr. Phlox einen Antivirus entwickelt hat, welcher Archer, Sato und Reed in ihre ursprüngliche Form zurückverwandeln konnte. Er verspricht, die Vorsehungsergebnisse mit den Aliens zu teilen - vorausgesetzt, sie würden die Enterprise nicht zerstören. Phlox reduziert das mutagenische Virus auf eine einzelne Laborprobe, welche er zerstören will. Archer allerdings befiehlt ihm, die Probe in eine Stasiskammer zu legen, denn es handelt sich um die Überreste einer ganzen Zivilisation. Da sie in die Delphic-Ausdehnung gekommen sind, um die Xindi davon abzuhalten, dass sie die Menschheit vernichten, weigert er sich zu helfen, eine andere Rasse auszurotten.