Nachdem er von einer Forschungsmission auf einem Planeten, dessen Bewohner eine Prä-Warp-Zivilisation sind, zurückgekehrt ist, fällt Lieutenant Reed auf, dass er seinen Kommunikator nicht wiedefinden kann. Nach einer intensiven Suche muss er sich schließlich eingestehen, dass er ihn irgendwo auf dem Planeten verloren hat. Hoshi Sato gelingt es die Energiesignatur des Gerätes in einer kleinen Taverne zu orten, einen Ort, den die Enterprise-Crew kurz vorher besucht hatte. Archer ist sich sehr wohl den Gefahren einer Kontaminierung der Rasse bewusst und so entscheidet er sich dafür, gemeinsam mit Reed den Planeten ein zweites Mal zu besuchen.

Beide betreten die Taverne und werden von einer Gruppe von Soldaten kritisch beäugt. Bei ihrem Besuch hatte die Crew festgestellt, dass sich dieser Planet auf einem Niveau ähnlich dem unsrigen kurz vor Ausbruch des Zweiten Weltkrieges befindet. Die politische Konstellation ist hier übrigens ähnlich. Mithilfe seines Tricorders ortet Reed den Kommunikator in einem angrenzenden Raum der Taverne, aber bevor sie ihn an sich nehmen können werden beide von den Soldaten überwältigt. Die Offiziere werden in einen Nebenraum gebracht und einem Major Pell vorgeführt, der sie befragt, ob der Kommunikator eine Waffe sei. Zudem nimmt Pell an, dass Archer und Reed zu der gegnerischen politischen Fraktion namens Allianz gehören. Da beide Männer sich einer Antwort verweigern befiehlt Pell, dass beide in einen Militärkomplex gebracht werden.

Dort angekommen werden Archer und Reed von Pells Vorgesetztem, General Gosis, verhört. Gosis informiert die beiden, dass jemand namens T´Pol einen Captain via den Kommunikator erreichen wollte. Archer identifiziert sich selbst als jenen Captain, was jedoch nur Gosis Annahmen bestärkt, das unsere beiden Offiziere Militärangehörige der Allianz sind. Während der Befragung fällt ein Stück von Archers Prothesen, welches ihn als Angehörigen jener Spezies maskieren soll, ab und enthüllt sein menschliches Gesicht. Gosis weiß natürlich nicht, wie er darauf reagieren soll und ordnet eine vollständige medizinische Untersuchung an.

Währenddessen hat man es auf der Enterprise geschafft, die beiden Offiziere zu lokalisieren und Trip schlägt vor, dass man sie mittels eines Shuttles rettet. T´Pol jedoch lehnt diesen Vorschlag ab, da sie keine weitere Kontamination dieser Kultur riskieren will. Also hat der Chefingenieur einen zweiten Vorschlag: die Enterprise besitzt immer noch das Sulibanschiff, mit dessen Tarntechnologie sie die beiden retten könnten, ohne entdeckt zu werden. Dazu müsste das System jedoch wieder funktionsfähig gemacht werden. Diesmal ist T´Pol einverstanden und zusammen mit Travis Mayweather beginnt Trip mit seiner Arbeit. Während sie so am Schaffen sind wird Trip von Partikelstrahlung getroffen, welche wohl für den Tarnmechanismus verantwortlich ist, was zur Folge hat, dass sein rechter Arm unsichtbar wird. Phlox vermutet, dass er nach einiger Zeit wieder von selbst materialisieren wird und gibt Trip einen Handschuh mit, um sich so temporär zu helfen.

General Gosis erhält die Resultate der medizinischen Tests und ist erstaunt. Es konnte keine vernünftige Erklärung für die verschiedenen physischen "Deformationen" von Archer und Reed gefunden werden und so versucht man weiterhin Antworten von ihnen zu bekommen.
Unglücklicherweise erhält Gosis einen weiteren verdächtigen Beweis: ein Überwachungsfoto des versteckten Shuttles. Um von der Wahrheit anzulenken erfindet Captain Archer eine Erklärung für die seltsamen Vorkommnisse: er und Reed seien demnach Prototypen für einen genetisch verbesserten Supersoldaten der Allianz und ihre verschiedenen Mitbringsel seien ebenfalls Allianzprototypen. Gosis sieht dies als eine mögliche logische Erklärung an, verlangt aber nach Beweisen, daher ordnet er die Exekution der beiden Männer an. Sobald sie tot wären, könnte man ihre inneren Organe detaillierter untersuchen.

Auf der Enterprise ist Hoshi in der Lage eine Nachricht abzufangen, in der es heißt, dass zwei feindliche Spione exekutiert werden sollen. Während die Zeit immer knapper wird fliegen T´Pol, Trip und Mayweather mit dem Tarnschiff auf den Planeten. Unglücklicherweise zeigt die Tarnung einige Störungen an.
Währenddessen bereiten sich der Captain und sein Sicherheitschef auf ihre Exekution vor und sind sich darüber einig, dass sie lieber sterben würden anstatt diese außerirdische Kultur weiter zu kontaminieren. Das Tarnschiff wird derweil von Kampfflugzeugen angegriffen, kann sich aber im letzten Moment endlich tarnen. Sie landen im Komplex, wo Archer und Reed schon die Schlingen über den Hals gelegt wurden, befreien die beiden Offiziere, sammeln alle technischen Geräte wieder ein und können rechtzeitig zur Enterprise zurückkehren.

An Bord der Enterprise angekommen dankt Archer T´Pol dafür ihnen das Leben gerettet zu haben. Die Vulkanierin merkt ab, dass obwohl sie alle Geräte wieder haben einsammeln können sie trotzdem der Prä-Warp-Kultur geschadet haben. Nichtsdestotrotz ist sie jedoch davon beeindruckt, dass der Captain bereit war sich zu opfern um eine ganze außerirdische Rasse zu schützen. Abschließend sieht man noch, wie Phlox Vermutung zutrifft: Stück für Stück kehr Trips Arm wieder zurück.